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潜伏期間はウィルスに感染した蚊に刺されてから約6~16日で発症します。
潜伏期間の後に、高熱、頭痛、嘔気、嘔吐で発症して異常行動、意識障害、痙攣、神経障害などが現れます。
感染しても日本脳炎を発症するのは100~1,000人に1人程度であり、大多数は無症状に終わります。
ですが、日本脳炎は症状が現れた時点ですでにウィルスが脳内に達し、脳細胞を破壊しているので一度破壊された脳細胞の修復は難しいでしょう。日本脳炎の予後を30年前と比較した場合、死亡例は減少したものの全治例は1/3とあまり変化していないことから、治癒の難しさは明らかです。したがって、日本脳炎は予防が最も大切な疾患であり、予防接種が有効でしょう。